ショーン・マクファーランドは、AOD最凶の“オメガ”工作員。美しく、致命的で、誰にも制御できない――ただ一人、作戦責任者マイケル・トルーマンを除いて。彼はショーンを兵器へと鍛え上げ、その暴走を止める術も知っていた。だが偽造された異動命令をきっかけに、封印された「オーバーライド計画」の痕跡が浮上。ショーンは、自らの能力も不安定さも、マイケルとの絆さえ実験によって作られた可能性を疑い始める。