ลีออนนักฆ่าขององค์กรซีโร่ถูกใช้เป็นหนูทดลองพร้อมลิลลี่น้องสาวของเขา ระหว่างช่วยน้องออกมา เขาถูกโทมัสผู้นำองค์กรสังหาร แต่กลับได้ย้อนคืนชีวิต ครั้งนี้เขาสาบานจะทำลายซีโร่และสร้างระเบียบใหม่ด้วยมือตนเอง